Selon les légendes, c'est là que Thésée Ariaden a laissé Dieu enceinte après sa bataille avec Minotaure.
Amathus a été installé vers 1000 avant JC et était l'un des quatre royaumes originaux de l'île. Les premiers habitants ici pourraient être de la tribu mycénienne, bien qu'il n'y ait aucune preuve spécifique pour le prouver. Les restes d'aujourd'hui remontent à l'époque romaine et byzantine.
Pendant la période romaine, Amathus était une ville côtière importante, gagnant son argent en exportant du cuivre et du bois sur l'île, mais l'ère de gloire de la ville a commencé à s'effondrer au cours du quatrième siècle après avoir été victime d'une série de tremblements de terre dévastateurs.